離子交換在運行過程中，如果發現軟化水樹脂發現顏色變深，樹脂交換容量不斷地下降，清洗水不斷地增加，出水水質變差，周期制水容量不斷地下降等現象，那么就可以認為軟化水樹脂受到了污染。污染原因主要有以下幾種。
懸浮物引起的污染水中懸浮物質，緊裹著樹脂表面的液膜層，從而隔斷了樹脂的離子交換過程，使樹脂受到污染，這種污染以陽樹脂為多。油脂引起的污染水中往往含有油類物類物質，形成膜狀物，堵塞或包裹了樹脂的微孔中的活基團進行離子交抽象。
有機物引起的污染有機物質在水中往往帶有負電，成為陰樹脂污染的主要物質。有機物主要存在于天然水中的腐殖酸，膠團的有機雜質，相對分子質量從500到5000的高分子化合物以及多元有機磷酸等，這些物質吸附在樹脂上，有的占據或者結合了樹脂上的活基團，有的使樹脂的強堿活基團堿降低而降解，使樹脂降低了離子交換能力。這類污染從COD的監測中可以檢出。
再生劑不純引起的污染軟化水樹脂的再生劑不純往往混有許多雜質，龍其是燒堿(NaOH)中的雜質甚多，如Fe3+純，NaCl，Na2CO3等，對陰樹脂的污染為嚴重。膠體物質引起的污染水中膠體顆粒常帶負離子，使陰樹脂受到污染，膠體物質中以膠體硅對樹脂的危害，它吸附并在漂萊特陰陽離子交換樹脂的表面上聚合，阻止樹脂進行離子交換。
高價金屬離子引起的污染原水中的高價金屬離子(如混凝劑中高價金屬離子的后移等)，如A13+，Fe3+等擴散進入陽樹脂的內部，同于這些高價金屬離子的交換勢能高，與樹脂中的固定離子-SO32-牢固結合形成AL(SOFe(SO3等，從而使用這部分的固定離子失去作用，喪失了離了子交換能力。
活余氯污染：當自來水做水源水時，如殘留的余氯過高>0.5毫克/升時，就會造成樹脂結構的破壞此時，樹脂顏色明顯透明度增加，體積，樹脂強度很快急驟下降，導致樹脂破碎但是樹脂的交換容量初期并不降低。這種污染是不可逆轉的，被活余氯污染嚴重的樹脂，將全部報廢。
水中的Ca+，Mg+被置換成Na+。當鈉離子交換樹脂失效之后，為恢復其交換能力，就要進行再生處理。再生劑為價廉貨廣的食鹽溶液。再生過程反應如下：R2Ca + 2NaCl = 2RNa + CaCl2R2Mg + 2NaCl = 2RNa + MgCl2為了使您易于理解接受，以下的說法是盡量通俗的說法，與標準工具書的說法可能不盡一致（但不會出現技術錯誤）。
離子交換樹脂是一種聚合物，帶有相應的功能基團。一般情況下，常規的鈉離子交換樹脂帶有大量的鈉離子。當水中的鈣鎂離子含量高時，離子交換樹脂可以釋放出鈉離子，功能基團與鈣鎂離子結合，這樣水中的鈣鎂離子含量降低，水的硬度下降。硬水就變為軟水，這是軟化水設備的工作過程。
當樹脂上的大量功能基團與鈣鎂離子結合后，樹脂的軟化能力下降，可以用溶液流過樹脂，此時溶液中的鈉離子含量高，功能基團會釋放出鈣鎂離子而與鈉離子結合，這樣樹脂就恢復了交換能力，這個過程叫作“再生”。由于實際工作的需要， 軟化水設備的標準工作流程主要包括。