發(fā)酵法的原料可以是含淀粉的農(nóng)產(chǎn)品，如谷類、薯類或野生植物果實等；也可用制糖廠的廢糖蜜；或者用含纖維素的木屑、植物莖稈等。這些物質(zhì)經(jīng)一定的預處理后，經(jīng)水解（用廢蜜糖作原料不經(jīng)這一步）、發(fā)酵，即可制得乙醇。發(fā)酵液中的質(zhì)量分數(shù)約為6%~10%，并含有其他一些有機雜質(zhì)，經(jīng)精餾可得95%的工業(yè)乙醇。生物轉(zhuǎn)化使用的原料是玉米等糧食作物，但是這些原料的大量使用會影響到糧食安 全，所以秸稈、麩皮、鋸木粉等農(nóng)業(yè)、工業(yè)廢棄物等含有大量的木質(zhì)纖維素，將是很有潛力的乙醇發(fā)酵原料。另外，生物燃料的生產(chǎn)過程中，纖維素的預處理和纖維素酶的生產(chǎn)成本較高。因此減少預處理，增強纖維素酶的活性，提高發(fā)酵產(chǎn)物的產(chǎn)量和純度，減少中間環(huán)節(jié)也是降低生產(chǎn)成本的途徑。是將本身可產(chǎn)生纖維素酶的微生物，尤其是厭氧微生物進行改造，使其適應CBP生產(chǎn)的要求。這種策略關鍵在于，提高對乙醇的耐受力，減少副產(chǎn)物的生成，導入新的代謝基因?qū)⑻腔a(chǎn)物全部或者大部分進行發(fā)酵，從而產(chǎn)出高濃度的乙醇。